Từ khi Malaysia và Trung Quốc kiến lập quan hệ ngoại giao năm 1974, chính phủ Malaysia kêu gọi các nhà lãnh đạo Trung Quốc sử dụng ảnh hưởng đối với tập thể lãnh đạo Đảng Cộng sản Malaya nhằm thuyết phục họ hạ vũ khí.[38] Trong nhiệm kỳ thủ tướng của Mahathir Mohammad, ông đề xướng một nỗ lực nhằm đưa Đảng Cộng sản Malaya vào bàn đàm phán và kết thúc nổi dậy. Mahathir cho rằng Đảng Cộng sản Malaya đang chiến đấu trong một cuộc chiến mà họ nhất định sẽ bại và thuyết phục họ hạ vũ khí và cùng với những người Malaysis khác phát triển quốc gia.[39]

Năm 1988, tập thể lãnh đạo của Đảng Cộng sản Malaya tại phần phía bắc của Malaysia bán đảo chấp thuận với đề xuất của chính phủ Malaysia về việc tham dự một cuộc đàm phán về sáng kiến hòa bình. Đảng Cộng sản Malaya đương thời đang ở trong tình thế tuyệt vọng nếu tiếp tục đấu tranh vũ trang. Hơn nữa, từ đầu năm 1981, Đặng Tiểu Bình đã khuyến khích họ tìm kiếm một hòa ước với chính phủ Malaysia.[39]

Khi khối Cộng sản tại châu Ấu sụp đổ vào cuối thập niên 1980, Đảng Cộng sản Malaya chấp thuận thực tế rằng không không có bất kỳ cơ hội nào để thành lập một chính phủ cộng sản tại Malaya. Malaysia đương thời là một trong các quốc gia phát triển mới tại châu Á, kinh tế quốc gia mạnh mẽ và phần lớn công dân Malaysia từ chối chấp thuận tư tưởng cộng sản.[28][39] Sau một loạt đàm phán giữa chính phủ Malaysia và Đảng Cộng sản Malaya, với trung gian là Thái Lan, Đảng Cộng sản Malaya cuối cùng chấp thuận ký một hòa ước tại Hat Yai, Thái Lan vào ngày 2 tháng 12 năm 1989.[40][41]

Hòa ước không yêu cầu Đảng Cộng sản Malaya đầu hàng song yêu cầu Đảng Cộng sản Malaya kết thúc các hoạt động quân sự của họ. Với việc ký kết Hòa ước Hat Yai, Đảng Cộng sản Malaya chấp thuận giải thể các đơn vị vũ trang của họ và phá hủy toàn bộ số vũ khí của họ. Họ cũng "cam kết trung thành" với Quốc vương điện hạ của Malaysia. Ngày này đánh dấu kết thúc nổi dậy của Đảng Cộng sản Malaya tại Malaysia.[13]

Đến cuối hòa ước, ước tính có khoảng 1.800 thành viên Đảng Cộng sản Malaysia vẫn trong danh sách hoạt động.[42] Một số người trong đó chọn cách quay trở lại các bang của họ tại Malaysia và phần còn lại lựa chọn ở trong một "làng hòa bình" tại biên giới Thái Lan. Chính phủ Malaysia trả tiền bồi thường cho họ, đầu tiên là trả 3.000 Ringgit để họ lập tức trở về, và trả thêm 5.000 Ringgit ba năm sau khi họ trở về.[13] Theo các điều khoản trong hòa ước, Trần Bình nằm trong số những cán bộ Đảng Cộng sản Malaya được phép hồi hương. Tuy nhiên, chính phủ Malaysia liên tiếp ngăn chặn việc ông trở về dựa trên một số luận cứ.[43]